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Coronavirus: phylogénie, tabagisme, mortalité et réduction du risque de tomber malade



On a le sentiment qu'à propos de l'épidémie, COVID-19 est désormais diffusé à partir de chaque fer. À cet égard, Habr se réjouit de bons messages avec des sources normales et une discussion constructive. J'ai également décidé de partager de nouvelles préimpressions sur l'expression de l'ACE2 chez les souris fumées, les caractéristiques de la génétique et l'évolution du virus, ainsi que des recommandations pour réduire le risque de tomber malade. Et puisque nous faisons des soins oculaires au laboratoire, je viens de recevoir des questions qui aident. En bref - un paquet sur la tête aide le mieux.

UFO Care Minute


La pandémie COVID-19, une infection respiratoire aiguë potentiellement grave causée par le coronavirus SARS-CoV-2 (2019-nCoV), a été officiellement annoncée dans le monde. Il y a beaucoup d'informations sur Habré sur ce sujet - rappelez-vous toujours qu'il peut être à la fois fiable / utile, et vice versa.



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Evolution complete!


Toutes les populations d'organismes vivants évoluent. Pas très vivant non plus, s'il y a la pression de la sélection naturelle et la capacité de muter. Les virus occupent traditionnellement une sorte de niche intermédiaire entre vivant et non vivant en raison de leur primitivité et de leur incapacité à se reproduire indépendamment. En fait, c'est une forme de vie extrêmement minimaliste (bien qu'ils en discutent), qui a économisé tout ce qui est possible. Il n'y a pas de synthèse protéique, pas de réplication autonome de l'information génétique. Seule une petite masse de protéines protectrices, des mécanismes protéiques pour la pénétration dans la cellule hôte et certains ADN / ARN.

De plus, les virus ont une autre caractéristique importante qui leur permet d'évoluer des ordres de grandeur plus rapidement que les autres espèces. Tout est mauvais avec les mécanismes de réparation, qui peuvent être comparés aux systèmes de contrôle de parité en informatique. Par conséquent, ils sont le plus souvent complètement impressionnés si un morceau de code pas très nécessaire tombe au cours du processus de reproduction ou, au contraire, un fragment d'ADN hôte est capturé. Les virus se multiplient en de telles quantités qu'un certain pourcentage de virions défectueux n'affecte généralement pas la capacité de se reproduire.

Il faut dire que cette instabilité de la structure génétique a pour nous des avantages et des inconvénients. D'une part, cela augmente les risques de contournement de notre immunité qui, en recherchant des lymphocytes B, a détecté une combinaison réussie d'anticorps pour supprimer la variante virale antérieure. Par conséquent, le changement de la neuraminidase et de l'hémagglutinine, qui HxNy dans la désignation des souches de la grippe, rend les anticorps antérieurs inutiles. En revanche, des mutations fréquentes associées à des mesures de quarantaine conduisent à la sélection de souches sous une forme plus légère.

Par exemple, si le virus 24 heures après l'infection fait couler le sang des oreilles et a un taux de mortalité élevé, il sera très probablement incapable de se reproduire rapidement en raison de sa visibilité, du travail des médecins de quarantaine et des personnes sévères avec des lance-flammes. Dans le même temps, les mutants, qui au lieu de symptômes terrifiants se limitent à la morve et aux éternuements continus, ont une bien plus grande chance de se reproduire, car ils n'essaieront pas de fermer ces personnes dans des zones de quarantaine protégées.

Dans le cas de COVID-19, les médecins tentent d'attraper toutes les formes visibles le plus rapidement possible, y compris pour la sélection vers l'évolution bénigne de la maladie. Si vous avez eu une forme légère et asymptomatique de coronavirus, une variété sévère ne sera probablement pas en mesure de vous infecter. Oui, je suis au courant de rapports de réinfection de SARS-CoV-2. Mais il existe probablement plusieurs options. Premièrement, il peut s'agir de faux tests négatifs, qui ont initialement montré une récupération, puis ont de nouveau donné un résultat positif. Deuxièmement, il y a un certain pourcentage de patients qui ne forment pas une immunité prolongée intense. Ils ne peuvent compter que sur l'immunité du troupeau - l'immunité de la foule.


Arbre phylogénétique SARS-CoV-2. Sur l'axe horizontal, le nombre de nucléotides différents. La source

Si nous parlons de la phylogénie du SRAS-CoV-2, alors elle ne diffère pas en termes de sensibilité à la mutation. Il existe actuellement 48 variantes enregistrées de ce virus, et la branche orange la plus éloignée de Wuhan-Hu-1/2019, la branche orange, ne possède que 12 nucléotides distincts. Il s'agit d'un échantillon enregistré en Finlande avec un ancêtre italien.

Apparemment, la sélection vers des formes plus légères peut durer de nombreuses années si la pandémie ne peut pas être écrasée.

Passons aux conseils: fumer est mauvais, mais il est trop tard pour secouer le bateau


Comme on le sait, le virus utilise le récepteur membranaire de la protéine ACE2 (enzyme de conversion de l'angiotensine) pour la fixation et l'entrée initiale dans la cellule hôte. Le plus souvent, ces récepteurs se trouvent dans l'épithélium des voies respiratoires et sont exprimés en certaines quantités par les cellules épithéliales de la cavité buccale. Plus l'ACE2 est exprimé, plus il est facile pour le virus d'infecter initialement le corps et de se multiplier au cours de la maladie. Il y a plusieurs facteurs.

Premièrement, vous devriez avoir «de la chance» avec le génotype. Cette protéine est codée par deux variantes des gènes I et D. Par conséquent, des combinaisons de II, ID, DD sont possibles. Si vous souffrez de DD, en plus des risques élevés de maladies cardiovasculaires, vous obtenez une vulnérabilité supplémentaire au SRAS-CoV-2. En conséquence, la mortalité dans différentes populations de l'humanité peut différer en raison de différences dans le rapport des génotypes.

Deuxièmement, arrêtez de fumer. Non, cela ne vous aidera pas pour la pandémie actuelle, mais en tout cas, c'est un facteur aggravant. J'ai trouvé une préimpression intéressante qui indique une augmentation de l'expression de l'ACE2 chez les fumeurs.


Niveaux d'expression ACE2 relatifs chez des volontaires ayant des antécédents de tabagisme différents. GSE994 - expression dans les poumons, GSE17913 - expression dans la cavité buccale.

Des études ont montré que l'expression est significativement plus élevée chez les fumeurs que chez ceux qui n'ont jamais fumé ou cessé de fumer. Malheureusement, l'étude n'a pas indiqué combien de temps les anciens volontaires ont cessé de fumer, mais il est fort probable qu'il s'agisse d'environ 10 ans et plus.
La principale porte d'entrée de l'infection est généralement légère, mais avec une expression accrue dans la cavité buccale, le risque de recevoir une dose vivifiante du virus est plus élevé en se léchant simplement les doigts après le métro.


Expression d'ACE2 chez des souris fumeuses

Des résultats similaires ont été obtenus sur le modèle de souris fumeuses, qui ont été forcées de respirer de la fumée de tabac à intervalles réguliers pendant jusqu'à cinq mois. Dans ce cas, une corrélation directe a été observée entre la durée du tabagisme chez la souris et le degré d'expression.

Résumé: si vous êtes un fumeur âgé, vos risques de mortalité sont extrêmement élevés.

À propos d'Umifenovir


Il existe plusieurs préparations commerciales assez bien connues avec l'umifénovir comme substance active. Il est très activement promu sur le marché intérieur pour le traitement de toutes sortes de maladies virales.

Dans l'étude, il a été comparé au placebo. En conséquence, le groupe placebo a donné une PCR négative pour le coronavirus dans 71,8% des cas et l'umifénovir dans 82,6% des cas. Ainsi, les comprimés sans substance active ne présentaient pas de différences statistiquement significatives avec l'umifénovir en termes d'effet sur le taux de récupération.

Mortalité et expérience humaine


Un sujet qui agace tout le monde et suscite le plus de controverse. Comme cela a été dit à plusieurs reprises, il est incorrect de mesurer la mortalité avant la fin de l'épidémie, mais elle peut être déterminée avec une erreur ou une autre sur la base de modèles épidémiques. C'est exactement la situation où le biais de sélection atteint sa pleine hauteur: les patients présentant des symptômes graves ne vont pas chez le médecin, mais toussent légèrement et infectent tout le monde.


Navire de la peste - Diamond Princess

Pour une expérience correcte, vous devez enfermer une foule de personnes dans un espace limité, attendre que tout le monde tombe malade et compter le nombre de survivants. Bien sûr, de telles méthodes ne sont pas très humaines, mais une telle expérience s'est avérée tout à fait accidentelle lors de l'incident avec Diamond Princess, lorsque 3 600 personnes ont été mises en quarantaine. En conséquence, malgré les précautions et le transfert régulier des personnes infectées à l'hôpital, de plus en plus de nouveaux passagers et employés ont été infectés. Le résultat a été une bonne estimation de la limite de mortalité inférieure - 1%. Étant donné que les passagers du bateau de croisière étaient pour la plupart des personnes âgées, on peut supposer que dans la population générale, le taux de mortalité sera d'au moins 0,4-0,5%. Le nombre reproductif de base est R0, dans le cas de la doublure est 2,8, ce qui est comparable à la grippe. Ça devrait être notéque ce coefficient est applicable aux conditions de quarantaine strictes. Dans une grande ville sans événements spéciaux, il peut être considérablement plus élevé.
La limite supérieure est désormais estimée à environ 4%. Le principal groupe à risque est celui des patients âgés ( source , données au 17 février):

Âge



Mortalité



80+ ans



14,8%



70-79 ans



8,0%



60-69 ans



3,6%



50-59 ans



1,3%



40-49 ans



0,4%



30-39 ans



0,2%



20-29 ans



0,2%



10-19 ans



0,2%



0-9 ans



0



Ne te lèche pas les mains



Le plus gros problème de propagation du virus, ce sont les mains. Si vous vous souvenez, les portes d'entrée sont les cellules de la cavité buccale et du tractus pulmonaire exprimant l'ACE2.

Les respirateurs de classe FFP3 / N99 offrent une certaine protection contre les aérosols viraux. De plus, il est très malheureux de passer sous un nuage de particules virales dans des gouttelettes de salive et de mucus après une personne éternuée. En moyenne, un tel nuage à l'intérieur ne flotte pas dans l'air pendant plus de cinq minutes, après quoi il se dépose sur les objets environnants. C'est assez amusant lorsque le patient tousse ou éternue dans la paume de sa main, après quoi il touche toutes les mains courantes et poignées d'affilée. Par conséquent, la recommandation banale de traiter régulièrement les poignées de porte et de se laver constamment les mains est plus qu'efficace, à condition que vous ne soyez pas à proximité immédiate d'éternuements.

Les masques et les respirateurs, en passant, ont un autre effet important - ils ne vous permettent pas de toucher vos lèvres et votre nez avec des mains infectées.


Il existe une magnifique série de Legionbreakers dédiés à la contamination. Cela montre très clairement comment Adam "infecté" recouvre très rapidement avec un marqueur ultraviolet tout autour, y compris les visages de ses collègues.


Hommes, débarrassez-vous de l'irrésistible envie de vous toucher la main.

Bref, lavez-moi les mains, essuyez le clavier avec de la souris avec de l'alcool et sevrez la façon de dire bonjour. Plusieurs fois, j'ai vu cet étrange rituel dans un espace ouvert, quand une foule de gens passe cinq minutes à se toucher. Naturellement, personne ne se lave les mains après le métro.

Que devriez-vous faire si vous protégiez relativement vos poumons d'un aérosol viral avec un respirateur, mais dans le métro, vous crachaz soupçonneusement un Italien suspect avec des racines asiatiques parlant au téléphone en persan? Pour commencer, il n'est pas du tout nécessaire de s'envelopper dans un drap blanc et de ramper immédiatement vers le cimetière. Mais cela ne signifie pas non plus que vous devez marcher toute la journée couvert de gouttelettes de salive étrangère et de mucus du nasopharynx. Oui, vous n'avez pas inhalé l'aérosol viral, mais certaines particules ont pénétré les muqueuses des yeux. Les muqueuses des yeux eux-mêmes, apparemment, ne sont pas la porte d'entrée de l'infection, mais les canaux nasolacrymaux emportent tout dans le nasopharynx, où le virus peut éventuellement se fixer. En fait, en l'absence de lunettes scellées, les yeux deviennent une porte d'entrée supplémentaire pour l'infection.

Vous avez plusieurs façons de résoudre le problème: si vous avez toussé juste à l'entrée de votre maison, il sera optimal de bien se laver, de bien se laver les yeux. Pour le lavage, notre laboratoire dispose d'une blépharolotion . La première partie des questions qui m'ont amené concerne lui. Non, même si vous nettoyez vos paupières conformément aux instructions, cela n'aidera pas le virus. Plus précisément, cela aidera au même titre que le lavage à l'eau. Mais la blépharolotion a été développée pour les paupières, donc lors du lavage, elle blesse moins ces mêmes paupières. Il vaut mieux se laver avec un équipement spécial et marcher propre que de ne pas se laver du tout. Mais il vaut mieux se laver à l'eau que se salir.

Pire encore, s'il n'y a aucun moyen de se laver complètement avec du savon. La chose la plus importante - ne versez pas de désinfectants agressifs dans vos yeux - vous aurez une brûlure chimique. Presque tous les protocoles médicaux pour le contact avec des liquides biologiquement contaminés dans les yeux impliquent un lavage avec des solutions neutres. La cornée est une structure extrêmement délicate et est facilement irréversiblement endommagée par des médicaments inappropriés. Dans le cas d'un traitement avec des objets neutres, une partie des virions sera éliminée de la surface. Un peu plus tard, lavez-vous déjà complètement les yeux lorsque vous pourrez trouver l'évier. Il est également pratique d'utiliser du blépharosafe stérilenous avons développé pour traiter la peau autour des yeux. Nous les avons fait pour la réanimation et pour une autre, mais au final, ils sont dans presque toutes les pharmacies dans des emballages individuels "pour essuyer les yeux" (en fait un siècle). Il fonctionne très bien. Non, elle ne lutte pas contre le maquillage. Non, le virus ne détruit pas, mais il vous permet de réduire légèrement les risques. Comme l'eau.



Par conséquent, le principe général est que la protection oculaire est soit nécessaire (une combinaison spatiale), soit se laver à l'heure, ou ne pas se promener dans les lieux publics où vous pouvez éternuer au visage. À en juger par la conclusion des épidémiologistes chinois , une distance d'au moins 4,5 mètres peut être considérée comme sûre. Vous n'irez nulle part dans le métro, mais il y a déjà des personnes spéciales qui mesurent la température avec un imageur thermique, donc, logiquement, tout devrait être relativement bon.

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