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Génétique d'origine. Composition de la population

Nous continuons notre série de documents sur la génétique d'origine. Dans un article précédent , nous avons parlé de ce que sont les haplogroupes, comment ils sont étudiés et comment les routes de migration sont construites sur eux. Aujourd'hui, l' Atlas partagera des informations sur les populations: en quoi elles diffèrent des peuples, pourquoi il est difficile d'étudier leur patrimoine génétique et comment elles déterminent l'appartenance à une population par un test génétique.



Pourquoi la génétique utilise le concept de population


Au lieu de l'origine nationale ou ethnique, les concepts de population et de composition de la population sont utilisés dans la génétique d'origine. Cela est dû au fait que le concept de nationalité fait davantage référence à l'identification politique qu'à l'ethnicité.

L'ethnicité ou la nationalité est davantage déterminée par les normes culturelles que par la génétique. Par conséquent, une personne qui a grandi dans un certain environnement culturel peut être liée à une nation et l'origine réelle de ses ancêtres peut être différente. Par conséquent, les scientifiques parlent de populations - des groupes qui existent depuis de nombreuses générations et dans lesquels plus de la moitié des mariages étaient au sein du groupe.

La population est plus facile à identifier par ses caractéristiques géographiques et ethniques, car généralement les mariages sont faits avec des résidents proches du même groupe. La plupart des peuples sont simultanément une population. Cependant, il existe des peuples dans lesquels plus de 50% des mariages sont avec des représentants d'un autre groupe. Ils ne peuvent être attribués à la population.


Tableau avec différences entre les personnes et les populations. Source .


Quelle est la difficulté de déterminer les populations


Les différences génétiques entre les différents groupes de personnes sont faibles par rapport aux autres primates. Les génomes des chimpanzés d'Afrique de l'Est et de l'Ouest diffèrent davantage l'un de l'autre que les génomes de deux autres personnes sur la planète, où qu'ils vivent. C'est la difficulté de déterminer à quelle population appartient une personne.

Une autre complication est que tout au long de l'histoire, les gens, en particulier les Européens, ont constamment migré, se sont mariés avec des représentants d'autres populations et les gènes de leurs parents sont mélangés. Et plus les gens d'une population se déplaçaient et se mélangeaient avec une autre, plus l'ADN de la génération suivante était diversifié et plus il était difficile de leur trouver de l'ADN modèle.



En raison de la recombinaison, les enfants peuvent ne pas hériter de certaines variantes de gènes caractéristiques d'une population particulière.

L'ADN humain peut transporter des informations sur les populations d'ancêtres de différentes époques. Et ceux qui ont vécu récemment, et ceux qui ont vécu il y a des centaines d'années. Pour déterminer quelles étaient ces populations, des sections des chromosomes de l'utilisateur sont comparées à des échantillons de représentants de différents groupes.


Comment les populations étudient


Pour l'échantillonnage, l'analyse en composantes principales (ACP) est utilisée. Cet algorithme recherche indépendamment des modèles dans les données de génotypage et vous permet de diviser les échantillons en grappes dans l'espace à N dimensions, généralement en deux dimensions. Un exemple de visualisation d'une telle analyse peut être trouvé ici . Avec lui, nous filtrons les échantillons intermédiaires et sélectionnons uniquement ceux qui sont caractéristiques d'une population particulière.



Dans cet exemple, vous pouvez voir comment se forment les grappes de différentes populations. Les options intermédiaires qui tombent dans la zone entre les différents clusters sont éliminées.

Ainsi, nous obtenons des grappes dont les tailles et les limites dépendent de la similitude des échantillons au sein du groupe. Avec eux, nous comparons les données de génotypage ou de séquençage à l'échelle du génome et les attribuons au cluster le plus similaire.

Tout l'ADN n'est pas comparé, mais ses pièces individuelles. Pour chacun d'eux, l'échantillon le plus proche de la base est sélectionné. Étant donné que certains sites peuvent être similaires dans différentes populations, les données subissent une vérification supplémentaire. Nous vérifions tous les sites à proximité. Par exemple, si nous trouvons un échantillon d'Asie de l'Est parmi plusieurs sites appartenant à des populations d'Europe du Nord, nous le vérifierons à nouveau.



Plus un cluster contient d'échantillons, plus l'algorithme déterminera avec précision les populations. De plus, la précision dépend des données source. Avec le séquençage à l'échelle du génome, nous obtenons plus d'informations pour la comparaison qu'après le génotypage. Cependant, il est important de se rappeler que même le génome complet ne donne pas un résultat à 100%. Les échantillons prélevés dans différentes populations contiennent le plus souvent des données de génotypage, car elles sont beaucoup moins chères. L'algorithme pour déterminer les populations d'origine deviendra plus précis à mesure que des échantillons avec les résultats du séquençage à l'échelle du génome apparaîtront.

Il existe une opinion erronée selon laquelle seuls le chromosome Y et l'ADN mitochondrial sont analysés pour déterminer la composition de la population. Autrement dit, pour les femmes, la composition de la population ne peut être déterminée que par la lignée maternelle. Ce n'est pas vrai. Selon ces données, seules les informations sur les haplogroupes peuvent être obtenues, mais elles ne s'appliquent pas à des populations spécifiques. Par exemple, l'haplogroupe R1a, que l'on trouve souvent chez les Russes, est répandu parmi les Slaves occidentaux et orientaux, ainsi que parmi les populations du nord de l'Inde.

Une population ne peut pas être associée à un haplogroupe, car, en règle générale, d'autres y sont également communs. Cependant, ils aident à comprendre l'histoire de la formation de la population dans son ensemble. En savoir plus sur les haplogroupes dans notre article précédent .


À quoi cela ressemble-t-il dans votre compte


Dans la section Géographie, l'utilisateur voit le rapport de pourcentage entre les parties du monde. Par exemple, entre l'Europe, l'Asie et l'Afrique.



Lorsque vous cliquez sur le bouton Plus, l'utilisateur accède à la page de population. Voici un pourcentage détaillé de chaque population. La carte montre également la zone approximative de chaque groupe.



Dans le prochain article, l' Atlas vous expliquera en détail les Néandertaliens: quel pourcentage de leurs gènes se trouve dans différentes populations, comment leurs gènes affectent la santé de l'homme moderne, et aussi ce que d'autres peuples anciens vivaient à cette époque.

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